Pałac powstał w 1886 roku, w krótko wcześniej utworzonej ordynacji (1859) Tadeusza  Twardowskiego.

Projekty pałacu zostały wykonane przez Zygmunta Gorgolewskiego. Zygmunt Gorgolewski (1845-1903) od roku 1866 studiował na berlińskiej Akademii Budownictwa. W latach 1874-1881 był tamże wykładowcą. Od roku 1880 zostaje architektem pałaców królewskich w Berlinie.

Kobylniki do 1945 roku pozostawały w rękach rodziny Twardowskich,kiedy to majątek upaństwowiono, a pałac przejął PGR. Wtedy też najbardziej ucierpiały wnętrza.

Pałac ten stanowi próbę przetworzenia form berlińskich w nową, polską całość, ów poszukiwany "swojski styl" dla wiejskiej rezydencji polskiego ziemiaństwa.